Nguồn gốc của xưởng hàng không quay trở lại năm 1869 khi Hải quân Đế quốc Nhật Bản thành lập một quân xưởng hải quân tại Yokosuka, khoảng 13 dặm về phía nam của Yokohama tại vịnh Tokyo. Quân xưởng lo đóng tàu, sửa chữa và cung cấp quân nhu cho Hải quân Đế quốc Nhật Bản. Nó cũng là một kho lưu trữ nơi đạn dược và các loại vật tư khác được mang đến khi chúng được mua.

Khi một số máy bay nước ngoài được mua để đánh giá, Hải quân đã đưa chúng đến quân xưởng để phân tích. Xưởng đã lắp ráp máy bay từ các hộp vận chuyển của họ, và khi lắp ráp xong, chúng được bay bởi các phi công đã được gửi ra nước ngoài để học bay và đánh giá máy bay khi bay.

Những chiếc máy bay này được sửa đổi ngay khi những khuyết điểm được tìm thấy, hoặc khi một cải tiến được tích hợp. Để tạo điều kiện thuận lợi cho công việc này, Hải quân Nhật đã thành lập xưởng sản xuất máy bay và bộ phận bom mìn tại nhà máy ngư lôi của quân xưởng vào tháng 5 năm 1913.

Năm sau, từ viết tắt đầu tiên được sử dụng là Yokosho, của tên  "Yokosuka Kaigun Kōshō" (Quân xưởng Hải quân Yokosuka). Xưởng được đổi tên thành "Kaigun Kōkū Shiken-sho" (Cơ sở Nghiên cứu Hàng không của Hải quân) vào tháng 12 năm 1919. Cái tên "Kaigun Gijutsu Kenkyūsho" (Viện Nghiên cứu Kỹ thuật Hải quân) được đặt vào tháng 4 năm 1923 khi xưởng được chuyển đến Tsukiji với một số đơn vị hỗ trợ Hải quân khác. Toàn bộ cơ sở Tsukiji đã bị phá hủy trong Đại thảm họa động đất Kantō 1923. Một số cái tên khác đã được sử dụng khi Hải quân bắt đầu thành lập quân xưởng. Việc nghiên cứu bắt đầu lại vào năm 1924 khi một số máy bay được đánh giá. Dưới sự chỉ huy của Bộ Tham mưu Hàng không Hải quân mới được thành lập, "Kaigun Kokusho" (Xưởng Hàng không Hải quân) được thành lập tại Yokosuka vào ngày 1 tháng 4 năm 1932. Một số lượng lớn các nhà soạn thảo và nhà thiết kế đã được chuyển từ Quân xưởng Hải quân Hiro, kết thúc việc sản xuất máy bay ở đó.